Zum Fürstbistum Basel gehörten unterschiedliche Gebiete mit jeweils besonderen Rechten, mehreren Sprachen und Konfessionen. Versuche, diese Vielfalt unter eine zentralisiertere Verwaltung zu stellen, scheiterten. Der Südjura gehörte zur Eidgenossenschaft, mit der der Fürstbischof als zugewandter Ort verbündet war. Ende des 18. Jahrhunderts eroberten französische Truppen den Jura, den der Wiener Kongress 1815 mit dem Kanton Bern vereinigte. Dieses Verhältnis war gerade im Kulturkampf belastet und umstritten. Erst mit dem Kantonswechsel von Moutier 2026 gilt die «Jurafrage» als definitiv geregelt.